O Gmail considera diversos fatores ao agrupar mensagens em conversas, mas às vezes as mensagens são agrupadas de forma inadequada ou separadas. No momento, o Gmail não oferece uma funcionalidade para agrupar ou separar manualmente essas conversas.

Uma sugestão para não encadear é:
Ao escrever uma mensagem coloque no assunto o nome do cliente ou pessoa com quem vai se comunicar.

Exemplo

Assunto: |cliente| Assunto

Assunto: |hotelwww| Hospedagem de sites

Este caracter utilizado para evidenciar o cliente é chamado de Pipe.

A tecla [ ] “colchetes”, não funciona perfeitamente, pois em alguns casos ela também encadeia as mensagens.

Fonte: Google